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--- strutture:cnaf:cnaf_rd:infrastruttura:utilizzo_cluster:batch_system [2013/11/22 16:46] – [Job interattivi] manzali@infn.it
+++ strutture:cnaf:cnaf_rd:infrastruttura:utilizzo_cluster:batch_system [2013/11/26 16:25] (current) – [Configurazione del batch system] caberletti@infn.it
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+====== Utilizzo del Batch System ======
+==== Configurazione del batch system ====
+Per l'utilizzo delle macchine del cluster di calcolo sono state definite le seguenti code:
+  * ''normal''      : coda normale per utenti RD e RD-GUEST
+  * ''interactive'' : coda per job interattivi per utenti RD e RD-GUEST
+  * ''coka''        : coda normale per utenti COKA
+  * ''coka-devel''  : coda per job interattivi per utenti COKA
+  * ''performance'' : coda solo per l'esecuzione di job ad uso esclusivo di un server, per utenti RD, RD-GUEST e COKA
+  * ''cms''         : coda normale per utenti CMS
+  * ''cms-devel''   : coda per job interattivi per utenti CMS
+  * ''atlas''       : coda normale per utenti ATLAS
+  * ''atlas-devel'' : coda per job interattivi per utenti ATLAS
+  * ''alice''       : coda normale per utenti ALICE
+  * ''alice-devel'' : coda per job interattivi per utenti ALICE
+Gli utenti sono suddivisi nei seguenti gruppi:
+  * ''rd''
+  * ''rd-guest''
+  * ''coka-users''
+  * ''cms-users''
+  * ''atlas-users''
+  * ''alice-users''
+Con il comando:
+<code bash>
+$ bugroup
+</code>
+è possibile visualizzare tutti gli utenti suddivisi per  gruppo di appartenenza.
+Ogni gruppo di utenti può utilizzare solamente le code che gli sono state assegnate. Ovviamente, i nomi di gruppi utenti e code sono autoesplicativi: quindi ad esempio gli utenti del gruppo ''cms-users'' potranno usare solamente le code ''cms-*''.
+Sono state definite delle nuove risorse che rappresentano le GPU disponibili e il MIC. Queste risorse sono:
+  * ''gpu_k20''  : rappresenta le GPU Tesla K20
+  * ''gpu_c2050'': rappresenta le GPU Tesla C2050
+  * ''mic''      : rappresenta l'Intel ManyCore
+Segue la tabella con il dettaglio della quantità di risorse disponibili su ciascun server fisico:
+^  Host          ^  gpu_k20  ^  gpu_c2050   ^  mic  ^
+| ''rd-coka-01'' |  2       |  -           |   1    |
+| ''rd-coka-02'' |  -       |  -           |   2    |
+| ''rd-gpu-02''  |  -       |  3           |   -    |
+Per vedere quali host sono disponibili nel cluster e il loro stato, usare i comandi:
+<code bash>
+$ bhosts
+$ bhosts -w
+</code>
+Per vedere i dettagli di un singolo host usare:
+<code bash>
+$ bhosts -l hostname
+</code>
+Per vedere lo stato delle code usare:
+<code bash>
+$ bqueues
+</code>
+Per vedere i dettagli di una coda:
+<code bash>
+$ bqueues -l coda
+</code>
+Per sottomettere un job utilizzare il comando:
+<code bash>
+$ bsub [opzioni] 'eseguibile'
+</code>
+Questo comando supporta numerose opzioni; le più interessanti sono:
+^ Opzione            ^ Descrizione                         ^
+| -q //coda//        | Specifica a quale coda sottomettere |
+| -m //hostname//    | Sceglie a quale host inviare il job |
+| -c //n//           | CPU time limite di n secondi        |
+| -n //x//           | Utilizza x core per il job          |
+| -J //nome//        | Assegna 'nome' come job name        |
+| -o //file.out//    | Job standard output                 |
+| -e //file.err//    | Job standard error                  |
+| -N                 | Separa il job report dall'output    |
+| -B                 | Invia una mail quando il job va in start              |
+| -R "//risorsa=n//" | Specifica di quali e quante risorse il job ha bisogno |
+| -a //application// | Specifica quale application utilizzare (da usare con MPI) |
+Per sottomettere un job e consigliabile preparare un file di testo contenente tutte le opzioni e i comandi da eseguire, come il seguente:
+<code bash>
+#BSUB -J example      # Job name
+#BSUB -c 600          # Time limit in seconds
+#BSUB -n 1            # Number of cores
+#BSUB -o %J.out       # Job standard output
+#BSUB -e %J.err       # Job standard error
+#BSUB -N              # Job report
+#BSUB -B              # Send mail
+#BSUB -q coka         # Job queue
+#BSUB -m rd-coka-01   # Host selection
+#BSUB -R 'gpu_k20=1'  # Resource requirements
+#
+# commands
+echo 'hello world'
+sleep 10
+</code>
+Salvare il job in un file (es. ''example.job'') e sottometterlo con:
+<code bash>
+$ bsub < example.job
+</code>
+Per monitorare lo stato dei propri job, utilizzare il comando:
+<code bash>
+$ bjobs
+</code>
+Per terminare un job, usare il comando:
+<code bash>
+$ bkill jobid
+</code>
+Quando un job termina, viene spedito un report riguardante l'esecuzione del job via mail, direttamente sulla UI. Per leggere queste mail, utilizzare il tool mailx:
+<code bash>
+$ mail
+</code>
+==== Job interattivi ====
+Sono job che mandano il proprio output su stdout e leggono l’input da stdin. Sono utili per eseguire operazioni come compilazione e debug delle applicazioni, oppure per eseguire programmi che richiedono l'interazione dell'utente durante l'esecuzione.\\
+Questo tipo di job possono essere sottomessi solamente sulle code che accettano i job di tipo interattivo, nello specifico le code denominate ''*-devel''.\\
+Esempio: esecuzione del comando ls con job interattivo:
+<code bash>
+$ bsub -Is -q interactive ls
+Job <682> is submitted to queue <interactive>.
+<<Waiting for dispatch ...>>
+.err
+.out
+example.job
+hello_mic
+hello_nv
+intel
+interactive.job
+lsf_job_template.job
+matrix
+mbox
+</code>
+Esempio: compilazione
+<code bash>
+$ bsub -Is -q interactive gcc -o hello hello.c
+Job <1525> is submitted to queue <interactive>.
+<<Waiting for dispatch ...>>
+<<Starting on rd-gpu-01.cnaf.infn.it>>
+</code>
+Esempio: shell con X-Forwarding (notare opzione -XF)
+<code bash>
+$ bsub -Is -XF -q interactive /bin/bash
+Job <8917> is submitted to queue <interactive>.
+<<ssh X11 forwarding job>>
+<<Waiting for dispatch ...>>
+[user@server ~]$
+</code>