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La compilazione di un job prima della sottomssione verrà fatta tramite una coda specifica chiamata compilation e indirizzata su un nodo dedicato non appartenente all'architettura delle 32 macchine di zefiro e dotata di 2 processori ciascuno con 16 core per un totale quindi pari a 32 core e 256 Gb di ram; i core di questa macchina sono stati raggruppati in bunch da 1 core considerato quindi un jobslot. Avremo disponibili quindi un totale di 32 JOBSLOT. Nello specifico la coda avrà le seguenti caratteristiche:

compilation: (openmpi-1.6 / num.max job previsti per utente pari a 1 / Wallmax 360 min(6 ore) / num.max jobslot richiedibili per job pari a 1 (1core) / switch -Is per uso interattivo):

 bsub -G <Nome gruppo Iniziativa specifica d'appartenenza> -q compilation -a openmpi <percorso del compilatore specifico> <file da compilare>  

L'opzione per l'uso interattivo permette di aprire una shell sul nodo di calcolo cui fa capo la coda debug direttamente dalla propria home user; mediante comando 'ls' è possibile infatti trovare tutti i file presenti sulla stessa. In questo caso il comando diventerebbe:

 bsub -G <Nome gruppo Iniziativa specifica d'appartenenza> -q compilation -Is /bin/bash 

Alti parametri di sottomissione utili per tutte le code

Nella home directory dell'utente verranno generati il file nomefile.estensione.err(elenco errori), nomefile.estensione.out(tutte le informazioni di output) ed il file a.out(il file eseguibile).

Se non viene inserito il nome di uno dei gruppi o Iniziative specifiche d'appartenenza, il sistema assegnerà le risorse considerando il monte ore dell'iniziativa specifica a più alta priorità; se invece l'utente appartiene ad un singolo gruppo e questa non viene inserita tramite l'apposita opzione del comando di sottomissione, non saranno riservate le risorse richieste.

NOTA BENE
il percorso a mpirun.lsf è
/usr/local/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin/mpirun.lsf
Gli altri eseguibili e compilatori mpi stanno in
/usr/lib64/openmpi/bin/

I compilatori non sono presenti sulle User Interface ma soltanto sugli host del Cluster, per la compilazione quindi è necessario sottomettere tramite le apposite code predisposte (vedi Sez. 'DEBUG DEI JOBS' e 'COMPILAZIONE')

Esempio

Per qualsiasi dubbio o informazione potete mandare una mail all'IT Division all'indirizzo:

localq-support@lists.pi.infn.it

Verrete contattati al più presto dal gruppo.

_{english version}

The job's compilation will be done via a specific queue called compilation and addressed on a dedicated node that is not part of Zefiro. This node have 2 processors each with 16 cores for a total of 32 cores and 256 Gb of ram, the cores of this machine were grouped into 1 bunch core then considered a jobslot. So a total of 32 JOBSLOT are available. The characteristics of the queue are:

compilation: (openmpi-1.6 / 1 allowed jobs max number / 360min (6h) WallTime max / 1(1core) available jobslot max number / switch -Is option for interactive uses):

 bsub -G <Group or membership initiative> -q compilation -a openmpi <path of compiler> <file to compile> 

The option to use the interactive more allows to open a shell on the compute node used by the queue directly from the home user; by command 'ls' it is possible to find all the files on the home user .

Other useful optional submission parameters

In the user's home directory the files generated will be called filename.extension.err(list of errors), filename.extension.out(output informations) and a.out(the executable files).

If user do not enter the name of one of the groups or Specific initiatives, the system will assign the resources considering the number of hours of the specific initiative with the highest priority. If user belongs to a single group, and this is not inserted through the appropriate submission option, resources will not be assegned.

NOTE
the path to mpirun.lsf is
/usr/local/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin/mpirun.lsf
The executables and other mpi compilers are in
/usr/lib64/openmpi/bin/

The compilers are not present on the User Interface, but only on the hosts so to build, user must submit through the appropriate queues (see 'DEBUG OF JOBS' and 'COMPILATION')

Example

For any questions or information users can send an email to the IT Division:

localq-support@lists.pi.infn.it

You'll be contacted asap by a member's group.